به منظور انجام امور کارشناسی و اجرائی و فعالیتهای دبیرخانه ای شورای رقابت، مرکز ملی رقابت در قالب مؤسسه ای دولتی مستقل زیر نظر رئیس جمهور تشکیل می شود که تشکیلات آن به پیشنهاد وزارت امور اقتصادی و دارایی و تصویب هیأت وزیران تعیین می شود. تغییرات بعدی تشکیلات مرکز ملی رقابت با پیشنهاد شورای رقابت و تأیید سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و تصویب هیأت وزیران خواهد بود.